Ngay từ trước khi Tổ sư Choi mất, do tình trạng sức khỏe của ông, tại Đại hội ITF được tổ chức tại Rimini, Ý năm 2001, võ sư Choi Jeung Hwa, con trai của tổ sư Choi, khi đó mang 8 đẳng, đã được bầu làm quyền chủ tịch để thay thế trong 2 năm còn lại của nhiệm kỳ của cha mình.

Ngay khi nhậm chức, Choi Jeung Hwa đã cảnh báo các thành viên của ITF về ý định kiểm soát và áp đặt chính trị của chính quyền Bắc Triều Tiên lên tổ chức ITF, nhất là sau khi Tổ sư qua đời. Đây là điều mà cha ông đã hết sức tránh khi tình trạng tương tự từng diễn ra ở Nam Triều Tiên. Nhằm thực hiện ý nguyện của cha mình, với dự đoán sẽ xảy ra các chia rẽ và để bảo tồn di sản chung của Tổ sư, Choi Jeung Hwa đã cho dời trụ sở của ITF về Canada. Tuy nhiên, điều này vấp phải sự phản ứng của các võ sư tại Triều Tiên và cả châu Âu khi cho rằng Choi Jeung Hwa đã lạm quyền của cha mình trước khi Tổ sư qua đời

Sau khi Tổ sư qua đời, ngày 22 tháng 9 năm 2002, các võ sư Triều Tiên hội đại hội bất thường và đã bầu võ sư Chang Ung, một thành viên của Ủy ban Olympic Quốc tế (IOC) của Cộng hòa Dân chủ Nhân dân Triều Tiên, làm Chủ tịch liên đoàn. Đồng thời họ cũng ra cáo buộc các thành viên ITF tại Áo đã có những gian lận tài chính để phủ quyết trụ sở ITF tại đây để thành lập trụ sở mới tại Bình Nhưỡng.

Không công nhận quyền lãnh đạo này, nhóm các võ sư môn đệ của Tổ sư tại châu Âu đã trao quyền chủ tịch lại cho võ sư Russell McClellan. Ngày 13 tháng 6 năm 2003, trong Đại hội ITF lần thứ 14 được tổ chức tại Warsaw (Ba Lan), võ sư gốc Việt Trần Triệu Quân được bầu là Chủ tịch.

Cả ba nhóm ITF đều có những lập luận về tính kế thừa hợp pháp tổ chức ITF của tổ sư:

• Nhóm ITF Canada, thường được gọi tắt là ITF-C, tuyên bố tính kế thừa hợp pháp thông qua bầu cử tại Đại hội Rimini 2001, kỳ đại hội thống nhất cuối cùng trước khi Tổ sư qua đời. Tuy nhiên, kết quả cuộc bầu cử này về sau đã bị chính Tổ sư và Ủy ban ITF bác bỏ trong một phiên họp bất thường, được cho là đã tổ chức dưới sức ép của chính phủ Bình Nhưỡng.
• Nhóm ITF Triều Tiên, thường được gọi tắt là ITF-NK, tuyên bố tính kế thừa hợp pháp thông qua các cơ sở và dự định dời trụ sở chính của ITF về Bình Nhưỡng của Tổ sư lúc cuối đời, khẳng định quyền kiểm soát của họ với Tổng hành dinh ITF ở Áo.
• Nhóm ITF Áo, thường được gọi tắt là ITF-V, lại tuyên bố họ là tổ chức kế thừa hợp pháp cuối cùng khi kết quả bầu cử của Đại hội Rimini 2001 bị Tổ sư và Ủy ban ITF phủ quyết cũng như dự định dời trụ sở không được thực hiện.

Kết quả cuộc tranh chấp này, nhóm ITF-NK cuối cùng đã kiểm soát được toàn bộ các cơ sở thuộc sở hữu của ITF cũ tại Vienna. Các thương quyền của ITF cũ tại Canada đã được giao lại cho nhóm ITF-C. Riêng nhóm ITF-V phải đăng ký bản quyền nhận diện tại EU.

Bên cạnh sự chia rẽ đó, tổ chức Liên đoàn Chang-Hon Quốc tế (International Chang-Hon Federation) của một số võ sư tham gia sáng lập ITF, được thành lập. Tuy không có những yêu cầu kế thừa theo pháp lý, họ vẫn tự xưng là môn đệ kế thừa chính thống tinh thần môn phái do Tổ sư xây dựng lên. Một tổ chức khác là Liên đoàn ITF Hợp nhất (Unified-ITF), do võ sư Hwang Kwang Sung và Rhee Ki Ha, cũng tuyên bố kế thừa tinh thần thống nhất của Tổ sư, qua đó không đỏi hỏi quyền thừa kế pháp lý, mang tính trung lập và kêu gọi sự thống nhất trở lại của các hệ phái ITF.